Практика показывает, что отказы выносятся как в случаях оформления документов самими юридическими лицами, так и в случаях их обращения к фирмам, оказывающим услуги по подготовке документов, необходимых для государственной регистрации.
В Управлении информатизации ФНС России называют разные причины отказов. Это неточности в заполнении заявления — когда одни и те же сведения в разных разделах заявления отличаются друг от друга (это происходит, например, когда одно и тоже лицо является и учредителем (участником), и руководителем, когда сведения о лице указываются и в разделе, касающемся руководителя, и в разделе, где указываются данные заявителя). Бывает, что отказы вызваны несоответствием документов, представляемых одновременно с заявлением о регистрации, сведениям, указанным в заявлении. Иногда к заявлению прилагаются документы, содержащие сведения, отличные от указанных в заявлении, или в отношении другого юридического лица. Кроме того, нередки случаи, когда оформление документов не соответствует требованиям, установленным законодательством (например, документы представляют в непрошитом виде, а в машинописный текст делают приписки ручкой).