Молодой человек по имени Дэзмонд Майлз, работающий барменом, попадает в лабораторию учёного. Выясняется, что Дэзмонд – последний из древнего рода убийц, служивших в ордене хашашинов, или ассасинов. Одним из далёких предков Майлза был Альтаир ибн Ла-Ахад, один из лучших в ордене. С помощью специального аппарата «Анимус», декодирующий генную информацию, Дэзмонд Майлз погружается в воспоминания и переживает ключевые моменты жизни Альтаира.
Основное действие Assassin’s Creed происходит в 1191 году. Из благословенной борьбы за освобождение Гроба Господня Третий Крестовый Поход превратился в личную распрю предводителей христианского и мусульманского миров. Святую Землю опустошают многочисленные наместники, которые почувствовали небывалую власть, лишившись административного контроля. Пресечь их кровавый произвол может только один человек. Альтаиру была поручена миссия устранить всех, кому выгодна война, чтобы исполнить заветную цель секты ассасинов. Альтаир берётся за опасную работу, потому что это его единственный шанс вернуть утраченное положение в иерархии братства.Помимо самоотверженности, главный герой обладает выучкой профессионального убийцы: владение разными видами холодного оружия для победы в единоборствах, владение собственным телом для скрытного перемещения в городском ландшафте, владение интуицией для выбора правильной жертвы и подходящего момента.